Nato nel 1952 ad Amersfoort, Paesi Bassi, Gijs Bakker studia da gioielliere e designer industriale. Nel 1962 completa gli studi presso la Gerrit Rietveld Academie di Amsterdam, per dedicare l'anno successivo allo studio del design da Konstfack a Stoccolma: pochi anni dopo Bakker apre il proprio studio, Gijs Bakker Design (GBD), nella sua cittadina natale. Il suo lavoro esplora la connessione tra arte e design, e tale ricerca produce una grande varietà di oggetti, dall'arredamento agli accessori per la casa, passando per gioielli, interni, spazi pubblici, mostre ed installazioni - oltre naturalmente a commissioni da parte di clienti del calibro di HEMA, Polaroid, Royal VKB, ed Artifort.
Bakker insegna allo stesso tempo design del metallo e della plastica all'ArtEZ Institute of the Arts di Arnhem, tra il 1971 ed il 1978, e all'Università di Delft dal 1985 al 1987; tra il 1987 ed il 2003 è capo del dipartimento di Man and Living dell'Accademia di design di Eindhoven, e parte fondamentale dei programmi di master tra il 2003 ed il 2012.
Nel 1993, Bakker co-fonda la compagnia Droog Design assieme al critico e storico Renny Ramakers. Droog (in italiano "asciutto" NdT) è nota per i suoi lavori contemporanei minimalisti, caratterizzati da un umorismo appunto asciutto, e da un'arguzia che colpisce corde remote negli osservatori. Bakker sarà direttore artistico e curatore di Droog Design fino al 2009.
Nel 1996 fonda Chi ha paura…? insieme alla gallerista italiana Marijke Vallanzasca: obbiettivo dello studio è di rendere i gioielli contemporanei di design più accessibili al pubblico, e più rilevanti - nel 2013 lo studio abbrevia il suo nome in chp…? Nel 2009 Bakker diventa direttore creativo della galleria HAN a Taiwan, precedentemente nota come Yii, la cui missione è di creare un legame più stretto e sostenibile tra la tradizione artigianale dell'isola, e il design contemporaneo.
Attualmente Bakker tiene spesso lezioni universitarie; i suoi design sono inclusi in molte collezioni pubbliche e private del mondo.